由于战争原因，对建国初的地方军政机构设置，中共中央不能不在一定程度上迁就于各大根据地和各大野战军，亦即各大山头客观存在的现实状况。正是在这一基础上，开始时实行了东北、华北、华东、中南、西北、西南六大行政区的管理体制。但基于党高于一切的原则，各大区实行的是党政军一体化的领导体制。
当然，对军事行动及其建政需要的这种迁就，不可能长期持续下去。事实上，熟读古书的毛泽东深知新国初立削藩之必要。而一些权倾一方的中共高级将领，也一样深谙新政初行需要中央集权的道理。故国内战争结束不久，一方面毛泽东巧施谋略，另一方面各将领知趣而退，很快就再现了一场现代版的“杯酒释兵权”。
彭德怀受命担任中国人民志愿军司令员，离开了西北地区;刘伯承则主动要求去筹建陆军大学(即后来的军事学院)，离开了西南地区。林彪将原四野主力交给彭德怀带去了朝鲜，自己以治病为理由去了苏联;聂荣臻被任命为代总参谋长，入住中南海，协助军委处理全军军事作战事务，无暇多顾华北军区的工作。于是，建国不过一年时间，六大军区司令员中，三位最具军事才能的将领均脱离了自己的军队和地盘。聂荣臻虽仍兼任华北军区司令员职务，其实也离开军区的具体工作了。另外两位，高岗不懂军事，只有陈毅有指挥能力，但毛与陈合作多年，了解甚深，再加上陈与华东局第一书记饶漱石长期不和，处处受到掣肘，也不存在闹独立性的可能。
将各大区主要军事将领调开，还不足以从根本上解决问题。1950年饶漱石抗拒毛泽东的提议，阻挠陈毅担任华东军政委员会主席一事，让毛泽东清楚地感觉到，长期在各大区担任书记的地方领导人，同样有可能发展到与中央分庭抗礼。同时，鉴于建国以来，中央机构设置，刘少奇掌管了组织人事和财经事务，周恩来统管了外事、统战和经济工作，党中央最高领导中枢“颐年堂(毛泽东办公地点)门可罗雀”的情况，让毛泽东于1952年开始，陆续通过各种办法，如改各大区人民政府及军政委员会为行政委员会，成立与政务院平行的中央人民政府计划委员会，把各大区书记，包括邓小平、饶漱石和高岗，以及在地方上有较大影响的叶剑英等，都先后调到北京来，让他们担任中央一级的领导工作。1954年，又进一步把大区仅剩的负责的军事将领陈毅、贺龙等，也都调到中央来了。
按时任高岗秘书的赵家梁所说，毛此举实为“一石三鸟”。第一，各路“诸侯”进京，群英聚集，加强了中央的领导力量。第二，计划委员会成立，在职能方面平分了中央政府的“半边天下”,改变了周总理掌管一切国家事务的局面，同时也分担了刘少奇主管的财经委员会的工作，“形成刘(党务)、高(经济)、周(外事与统战)三足鼎立的新格局”。第三，把各大区首领调到自己身边来，这是砍“山头”、削弱“诸侯”大权的重要一步，“不失为调虎离山，防患未然之举”。
赵之说法，不无道理。就砍“山头”一点而言，大行政区的制度容易造成中央与地方权利切割，便利于各大区之间在利益上相互依托，进而向中央闹独立性的问题，在1953年的“高饶事件”中充分暴露了出来。高岗和饶漱石当时刚到中央工作不久，就很快利用其所占两大“地方诸侯”的身份，在中央和地方四处串联。高岗以“没有人民的军队就没有人民的一切”为由，强调“夺取革命的胜利的，还是要依靠人民解放军”,联络各大区“诸侯”,试图扳倒身为“白区”斗争代表的中共中央第二号人物刘少奇。此举虽因多数领导人反对而未能成功，但由此也促使毛泽东和中共中央下决心迅速取消存在极大隐患的大区制。
1954年4月27日，“高饶事件”刚一定性，中共中央就通过政治局扩大会议决议撤销大区一级党政机关，各大区行政委员会随同各中央局、分局一并撤销。新中国从此走上了中央高度集权的时代。
当时南方和西北多数省市任用的多是军事干部，且是苏区干部，而华北、东北多用的是党政干部，且是白区干部，两部分干部不仅有苏区、白区之分，在文化程度上还相差甚多。这种分别不可避免地在中共干部当中造成某些隔阂与矛盾。这种隔阂与矛盾最突出地反映在了中央各部委一级干部的任用问题上面。这是因为，与过去农村苏维埃政权时期的情况非常不同的是，新的全国性的中央政府的建立，不仅要考虑到绝大多数部委带有很强的专业性质和文化水平的要求，而且还要考虑到当时因联合政府的关系，一些重要部委的负责人，包括政府各部委成员中有相当数量文化知识程度很高的专家学者和社会名流，中央部委负责干部的任用难免也要考虑到文化水平的问题。
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