1986年，方立天出版了代表作《佛教哲学》，对历时两千多年遍及五大洲的佛教文化的基本内涵做了深入浅出的概括，不仅受到学界、佛教界的推崇，也在非专业读者当中产生影响，历史学家周一良称之为“真正的佛教入门书”，获奖频仍。
方立天的佛学研究，一直在中国哲学史的大框架下进行，其《中国古代哲学问题发展史》自宇宙观、时空观、道德观、天人观、知行观等12个方面切入，从问题史的角度概括了中国哲学的发展历程，张岱年曾力荐此书，认为写问题史难在广博、深切、精确，而方立天做到了“内容博雅、探索深切、诠释精确”。
2002年，穷15年之功、91万字的《中国佛教哲学要义》出版，被认为是佛教哲学研究史上的里程碑著作。楼宇烈评价方立天的研究：“近百年来，我们在学术研究方面唯西方马首是瞻，不能够很契合中国本土哲学和佛教的特点。方先生开辟了一条道路，让中国哲学和佛教学术研究重新回到中国文化的本位上来。”
“不争而争”
清华大学国学院院长陈来曾表示，上世纪80年代初他曾向张岱年请教推荐优秀的中年学者，张特别推荐了方立天。
对于自己的成就，方立天归因于“不争而争”：“搞学术需要很静，需要过寂寞孤独的生活。你对外界的很多物质诱惑都想去争取，就会影响你集中精力、集中时间去探讨学术。所以一些外部的名利你要想开一些，不要去争。但是我通过不争而争，争什么?争时间，争成果。”方立天2011年为人大宗教学研究生班讲话时说。
直到50岁时，方立天仍是一介讲师。1983年评职称时，方立天本来是副教授候选的第一名，但仍被刷下来了，他不明所以，后来有人告知原委：“领导找你谈话的时候，你应该表示感谢。你不感谢，听说还提了好多意见。”
1984年，中央提出要在全国重点大学的文科专业中，各选五个特批正教授，方立天因此破格提上了教授。但即便如此，两年之后，他才从不到30平方米的筒子楼，被分配到“一个又黑又暗又脏的三间里边”，“直到2005年”。
也因此，2006年以前发表的著作，方立天基本都是在人大图书馆完成的。“人大的图书资源滋养了我，我真诚感激人大图书馆对我的帮助。”在2011年从教50周年研讨会上，方立天还特地感谢了图书馆。
去图书馆是他在北大时养成的习惯，“在图书馆里看书，效率和在宿舍里是大不一样的。宿舍里的被子呀、枕头呀会影响你的思考;图书馆里看到的是书，是同学们在那里用功。所以我在北大就是一个背着书包去图书馆的学生。”
而到人大后，方立天每天早晨也还是和学生一起泡图书馆，直到关门闭馆。没评上副教授时，领导分析他将有几种可能：要跳楼、要调动工作、要消极怠工。结果第二天仍见他背上书包上图书馆，“学校就放下心了。”直到2005年搬家离开人大后，方立天才告别了人大图书馆。
最初在人大77、78级学生当中，有一个“跟学生在阅览室抢座的老师”的传说。而后随着图书馆条件的改善，教授可进大库看善本，方立天不必再跟学生竞争。而至于外界传说的“方立天专属书桌”，中国人民大学哲学院副院长、国际佛学研究中心主任魏德东向早报介绍，那是图书馆古籍小组办公室为他准备了一张书桌，但白天仍有工作人员使用，“我1991年跟方先生读书的时候，他一早去办公室放了包，然后去大库看书，晚上工作人员下班以后再来，那时候他给我们开会就用这张办公桌。”
“方先生是非常认真勤奋的一个人，天天要上图书馆，白天给他家打电话永远找不到他，晚上也回来得很晚。所以他能有这么丰硕的成果，我很佩服他这种精神。”楼宇烈对早报记者说。
但作为一名埋首书斋的学者，方立天也同时关注着社会发展，并在哲学、宗教中寻找对策。“面对方枘圆凿的现代政教关系，他悉心研究慧远的政教离即说并予以高度评价;应对民族虚无主义和文化保守主义的挑战，他探索中华民族的基本精神;基于道德滑坡的现实，他研究佛教伦理的基本内涵与现代价值;他探讨中国佛教哲学要义的归宿，是探求中国佛教哲学对解决当代人类困境的意义，这就是：关注人与自我的矛盾，提升人的精神境界;协调人与人的矛盾，维护世界和平;调适人与自然的矛盾，促进可持续发展。” 魏德东总结。
“思想本身不是抽象的理论，一定要在社会现实生活中发挥作用，而现代社会，我们要充分发挥佛教净化心灵和社会的作用，对于发展过程中的一些不良现象，我们会经常提出批评意见。”楼宇烈介绍。
广义上，曾受教于方立天的桃李遍天下，但从他手中拿到博士、硕士学位的，不过五六十人。魏德东介绍，作为导师，方立天第一会尊重学生个人的学术志向：“不像某些老师指定课题给学生，方先生让学生做自己喜欢的东西，顺着学生的兴趣来指点。”
“第二则是让学生放手读书。那时候没有网络，他看到有价值的资料会裁下来，转给学生，还在边角上写‘转某某、某某、某某阅，几月几日’。我那时候调皮，还把我自己名字圈一下，写‘已阅’。搞得像传文件一样。”魏德东说。
此外，笔耕不辍的方立天还鼓励学生写作，希望学生通过写作来提高水准，在早期，他对学生的论文都是逐字修改，即便后来年纪大了，也都是通读全文提出修改意见。“做方先生的学生20多年，直到他临终之前，我见他都是毕恭毕敬。在他面前，你会觉得自己做的事情太少了。”
7月6日上午，方立天曾陷入昏迷，多年的肺癌令他身体衰竭。经过抢救恢复稳定后，魏德东于晚7点离开医院，直到第二天早上接到噩耗。“我此前一直比较乐观，因为我相信方先生是非常刚毅的人，一直与逆境斗争，在1960年代他都能坚持研究佛经、守护中国文化，我觉得他怎么可能向命运屈服?但奇迹并未发生，我非常悲伤。”
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