经书，可能不经意间道明了吴清源与其他棋手包括超一流棋手的不同之处。
江崎诚致是与吴清源交往数十年的日本作家，也是《吴清源传》的作者，他在《昭和的棋》中写道，“清源学习孔子老子的学说，或者皈依红卍会和玺宇教，从来也不是以赢棋为目的。他的信仰心完全是基于自己本心的持续的流露。这是一种无欲无求的状态。于是，平常心也就生了出来。他的棋失着很少，即便是有，也算不上足以铸成败局的大错，而且他不会连续犯错，这一切绝对不仅仅是坚忍不拔的民族性使然，更多的是拜无欲的平常心所赐。”
吴清源的棋风奔放自在，但却总有着他人无法企及的安定感，即便是胜败不明的局面，他也总能够将机运引到自己这一方，其秘密恐怕也就在于这里。
“我每逢临战之际，都一如既往地做好精神准备，即只考虑如何在盘上全力以赴地去拼杀，而绝不过虑结果。什么一定要赢啦，什么输了会如何呀，我全都不去考虑。”吴清源在《以文会友》中说，“我认为，这种精神出自我的信仰。可以说支撑我的棋力的，全靠我所信仰的神力。说起来，一流棋士之间棋力之差是微不足道的。胜负的关键取决于精神上的修养如何!”
“我始终不渝地将围棋和宗教信仰作为生命的两大支柱，对我来说，胜负与信仰，如同人离不开水与火一样，缺一不可。”“如果不是一名棋士，很可能我会从事宗教研究。”
芮乃伟说，“我的感觉是，事实上是什么宗教对他来说是不太重要的，但信仰本身对他很重要。”吴清源具体的信仰内容，在不同时期有过多次变化，从最早的红卍会，到后来的玺宇教，中途还受过日莲宗的影响，而孔子与老子的学说，他更是终生研读。但作为其终身信仰的，还是红卍会教义。吴清源信仰红卍会的一个重要原因在于，红卍会不存在“开山教祖”，它试图打破宗教界里的所有排他性，无论哪种宗教的信徒都可以信仰和加入此教。
1961年，吴清源不幸遭遇车祸，留下严重的后遗症，从此战绩欠佳。到了古稀之年，日本棋院等为其举行了盛大的引退仪式。晚年的吴清源，致力于围棋的国际化，尤其关注中国的围棋事业，祈盼其所倡的“21世纪六合之棋”能为促进世界各国之间的友好关系尽“绵薄之力”。
所谓“21世纪六合之棋”与吴清源时常研习的《易经》有莫大关系。吴清源说，阴阳思想的最高境界是阴和阳的中和，所以围棋的目标也应该是中和。只有发挥出棋盘上所有棋子的效率那一手才是最佳的一手，那就是中和的意思。每一手必须是考虑全盘整体的平衡去下——这就是“六合之棋”。
“另一方面，即使是人生，也要考虑技术和哲学的中和。”吴清源说，“我所走过的道路，应该可以说是追求中和的人生吧。
“他特单纯。尤其摆到一步特好的棋，他就笑，笑得可开心了，跟小孩似的。”牛力力说，“他从没觉得下棋是苦事，他就是喜欢。这也是他这么大年纪每天还思考围棋的原因。”
在弟子、家人眼中，吴清源是一个生活特别单纯简朴的人，“给他做饭，一年365天吃一样的，他也不会反对”，很多衣服领都破了还在穿。对什么东西贵什么便宜这样的生活琐事从来无感，极少与人争论，也没有主动与人交际沟通的愿望。牛力力回忆，2001年贵阳有个围棋活动，市政府搞的，金庸也去了，就住在吴清源旁边的房间。“金庸先生很景仰他，想拜访他，他好像都无所谓，他不知道该跟金庸先生说什么。”
恰恰是金庸，曾说他最佩服的人，“古人是范蠡，今人是吴清源。”
吴清源成名后基本没有为了钱下指导棋，哪怕是在3个孩子出生后经济比较紧张的时候，“他觉得是在浪费时间。”
“一个是宗教的影响，还有一个，父亲当初来日本，周围的人比方说濑越老师，他们对父亲的围棋才能都比较认可，在生活方面金钱方面又有人支援吧，所以逐渐影响他的人生观。”吴清源的女儿吴佳澄说，在她眼中，父亲是一个既深奥又单纯的人。
电影《吴清源》的导演田壮壮说，编剧邹静之曾经问过吴清源，当时您在最巅峰的时候被车撞了，您怎么看这事?吴清源说，人在很多事情上都是一个机缘的问题，被撞了就是一个机缘，这不知道是怎么安排的，你不能下棋了，但你能做别的。
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