吴清源立即显露出天赋和兴趣，进步明显比两个哥哥快。围棋的学习从早到晚，“一只手拿着沉重的棋书，一只手打谱。一会儿手腕累了，就换另一只手。”后来吴清源两只手的中指都变形了，有些弯曲。
就这样，10岁左右的吴清源，已经通读了江户末期的棋士本因坊丈和、幕府末期的天才棋士秀策和明治及大正年间的棋士川龟三郎等人的棋谱。除了这些旧谱，父亲还让大哥去邮局订阅日本棋谱让吴清源研究，包括《方圆新报》。“当时中国多弱啊，他就靠打棋谱，过去也不像现在信息发达，那边一比赛这边就看到棋谱了。他很大程度上是靠自己的悟性。” 牛力力说。
天才少年的大名终于传到了在北京的日本人圈子里。辗转之后，1926年的一天，吴清源来到了北京“大和俱乐部”下棋，第一个对手是在北京经营古玩生意的商人山崎有民。他后来回忆，“清源总是先手攻入要害，我输得心服口服。而我只下了这么一局，就已经意识到少年吴清源是个真正的围棋天才。”
第二个对手是大和俱乐部的围棋教练，有职业初段棋力，吴清源经过一番苦战，也获胜。
山崎有民当时就产生了送吴清源去日本留学的想法，“这不仅仅是为吴清源一个人，同时也是致力于日中友好的一个举措，而且还与日中围棋事业的进步有关。”
1926年8月，岩本薰六段和小杉丁四段从日本来到北京，山崎有民专门组织了棋会，中国方面派出了刘棣怀、顾水如和吴清源3位棋手。刘和顾分别受二子与岩本六段比赛，结果刘胜顾负。吴清源受三子与岩本对局，赢了。
后来在北京政府要员王克敏家中，吴清源再次受三子，还是赢了岩本。王克敏这时建议岩本让两颗子与吴对局，经过一番激战，这次岩本以二目的微弱优势赢了一盘。
岩本当时在日记中写道，“在日本能赢吴的业余棋士大概找不出一个来”，“少年棋风犀利，是一个非同寻常的天才”，“如果他能来日本学习围棋，那么成为一名职业高手应该是轻而易举的事情。”
一年后，日本棋院五段井上孝平来到北京，总共4局棋，其中井上让二子下了两局，吴清源都以绝对优势中盘取胜。在让先的两局中，吴清源则一胜一负。
山崎有民将吴清源与井上对局的棋谱寄给了日本著名棋士濑越宪作七段，濑越看了用“愕然”来形容心情，称吴清源的棋“与秀策少年时代的棋术有着惊人的相似之处，堪称完美无缺”。秀策是日本幕府时代末期的天才棋士。
山崎致信濑越就是询问送吴清源赴日留学之事，濑越的回复让人鼓舞，“为了棋道，我决心要促成这位少年前来日本，使他成为名留史册的棋士。”山崎有民和濑越宪作一个在北京，一个在东京，前后为此通信有50封之多。
在两人的推动下，日本政界、财界各方人士都动起来。政界里有后来成为首相的犬养毅、担任过邮政相和内相的望月圭介，财界里有日本棋院创始人大仓喜七郎。
濑越找亲中派的犬养毅是请他给女婿、日本驻中国公使芳泽谦吉写信，请芳泽劝说吴家同意吴清源来日，当时吴家对来日本一事顾虑重重。
犬养毅沉思片刻后说，“如果真把这么出色的少年接到日本来，以后你们不就要成为他的手下败将了吗?”
“这正是我的愿望所在。”濑越回答，“为了围棋，也为了促进日中和睦，我愿意这样。”
日本围棋界促进两国交流、扶助吴清源留学是真心实意的，但就在吴清源赴日这年，中日关系日趋紧张。日军在中国制造了济南惨案和皇姑屯事件，这是日本全面侵略东北和中国的前兆。
吴家在国内的亲戚极力反对吴清源赴日，理由正是怕吴家去日本受歧视和欺辱。
1928年10月18日，在山崎有民的陪同下，吴清源和母亲、大哥坐上了大阪商船“长安丸”号，从天津塘沽港出发，最终于27日到达东京。
吴清源的监护人、北洋政府要员杨子安送行时说，“希望你两年后回来。”
但吴清源没有回中国。日本，命中注定成为他的下一站。
围棋是一项充满魅力的智力游戏，规则简单，棋子之间没有等级关系，平和之下的战争，静默之下的杀机，精确与模糊，虚无缥缈与锱铢必较，充满着东方的智慧。“中国人经常讲条条大路通罗马，西方人考虑哪条最近，你别跟我讲条条通罗马。”在原中国棋院院长王汝南看来，围棋有很多模糊的东西，很多是凭一种直觉，确实是东方文化的产物，“西方人干什么都有个定性定量的思想，一定要找到最好的一手。”
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