笔者从日本外交史料馆查找到的资料中发现，即使在 1905 年，经过首相桂太郎裁定，日本政府还在为培养清国留学生拿出一定预算，“文部省所管临时清国学生养成费支出金 15143 元”，其理由为：“毕竟从我国东方政策考虑出发，应该承认招收清国学生来我国留学的必要性，从结果上来说还是不能放弃劝诱他们(来日本留学)。” 就是说，日本政府其实并不愿意通过“取缔”得罪留学生，其理由其实很简单：日本政府主动邀请清朝政府派遣中国青年留学日本的根本目的，从最初就是为了培养在中国的亲日势力。
中国、中国人的国民性甚至中国文化的歧视和污蔑越来越激烈，而社会舆论对中国人国民性的攻击更是开始成为常态。然而在当时日本社会的背景下，仅仅针对清国留学生而发的《取缔规程》，使留学生们感觉到日本政府不能对留学生和日本学生一视同仁，日本政府的潜意识中有着“清国留学生 等于潜在的犯罪分子”的成分，于是《取缔规程》在留学生的眼中就变成一个侮辱人格、带有歧视的符号。而日本的公共舆论不仅没有理解到清国留日学生的这种心情，反而利用这件事诋毁攻击中国人的民族性，因此让事件更具有歧视与反歧视的性质。其中最具代表性的是《东京朝日新闻》 12 月 7 日发表的《清国人同盟休校》一文，这种对中国国民性的诋毁“放纵卑劣”四字，引起了留学生们极大的愤慨，尤其是使留学生们感到人格上的侮辱，以致翌日，留学生领袖人物、《民报》总编辑陈天华留下遗书，在东京的大森海岸愤而投海。而留学生们之所以发起集团归国运动，在很大意义上就是为了向日本社会证明中国人的民族主义精神和“团结”。
前文已经述及，12 月 7 日《东京朝日新闻》所刊登的《清国人同盟休校》一文之所以如此反响巨大，还有另外一个原因。那就是报纸整版几乎都是在报道日俄战争胜利后、日本军队“凯旋”的消息，这也让留学生们受到极大的刺激。 1905 年的《取缔规程》反对运动，标志着在日本社会民族主义思想恶性膨胀的背景下，反日民族主义情绪扩展到整体清国留日学生当中。
由于上述中日两国的近代历史过程、社会现实以及清朝政府的殷切期待，在强烈的国家责任感驱动下，留日的中国社会精英们开始利用自己通过留学所学到的近代政治和社会学知识，对比眼前的日本，深刻思考应该如何在中国建设近代国家的问题。而得到的结论不是延续由清朝政府开始的、学习日本建设近代国家的进程，而是从另一个层次接受日本建设近代国家的经验，这就是走建设单一民族国家道路的思想。 1905 年，还是清国留日学生的反日民族主义思想和反满民族主义思想开始结合的一年，同盟会入会宣誓词中的“驱除鞑虏，恢复中华”也集中体现了清末留日学生的反满民族主义和建设中华民族国家的想。日本留学运动事实上让广大的清国留学生从两个层面上接受民族主义，而这两种民族主义之间具有一种互动的关系：广大具有精英意识的清国留学生接受了日本的民族国家思想，然而清国留学生学习日本的热情，却被广大的日本人看作是中国衰败、中国人退化的象征，从而增强了他们的民族自信;而这种民族自信又转化为一种狂妄的民族主义和盲目的民族歧视，它又刺激广大留学日本的清国留学生的民族主义情绪。具有强烈自尊心的清国留学生们对日本民族主义的反感，迫使他们深刻地思考自己为甚么会来到日本而“ 取侮于人”，思考怎样才能改变中国的落后现状，其中很多人最终还是看到日本的榜样，认为中国要像日本一样得到发展，就只有学习日本建设近代民族国家的经验，在中国建立一个“汉”(或称为“中华”)的民族国家模式。
中日对抗心理的酝酿与爆发
但不论是哪一种理由，留学日本之所以能够被中国国民以及青年学子所接受，就是因为它与当时中国人的日本观中具有强烈的“同文同种”的思想要素。洋务派的张之洞在《劝学篇》中为其极力推荐中国青年选择日本留学的理由作了充分说明，除了政治考量之外，两国地理、风俗，尤其是文字之接近，也是他用来打动人的地方。而在留学生自己的叙述当中，我们也能够看到很多关于中日两国“同文同种”的内容。孙中山等革命家之所以愿意将日本当作革命的根据地，也在很大程度上是来自于“同文同种”的认同。他一直到去世前，都在呼吁“中国和日本是同文同种的兄弟之国”，一直抱着日本与中国利害相通、没有日本就没有中国、没有中国就没有日本的观点。
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